L’attaque a eu lieu peu après minuit, lorsque des drones ont frappé la proue du navire, déclenchant un incendie et perçant la coque. Des rapports suggèrent que les drones ont délibérément ciblé le générateur du navire, désactivant des systèmes critiques. Le navire reste bloqué dans les eaux internationales après avoir envoyé un signal de détresse. Le dernier contact, aux premières heures du 2 mai, a confirmé que des drones tournaient toujours au-dessus de sa tête.
Des militants ont appelé à une intervention immédiate et exhorté le gouvernement maltais à agir. Trente défenseurs internationaux des droits humains se trouvent à bord, désormais menacés par le naufrage du navire. Jusqu’à présent, seule Chypre a répondu au signal SOS, mais son navire ne disposait pas de l’alimentation électrique nécessaire.
La Flottille de la Liberté avait pour mission de défier le siège israélien de Gaza et d’acheminer une aide humanitaire vitale. Sa mission est restée confidentielle afin d’éviter tout sabotage israélien.